南京水云运输研究院有限公司于2019年10月成立于南京市雨花台区雨花经济开发区，注册资本1000万元。
南京水云运输研究院有限公司是按照南京市新型创新技术研发机构的要求成立组建的。研究院主要依托武汉理工大学以及船舶领域的核心专家团队，并得到了南京市雨花经济开发区的大力扶持。其主要股东是由武汉理工大学首席教授吴卫国专家团队为首的管理公司、南京市雨花经济开发区的国企投资公司、中联创投南京美信物流有限公司等国内航运物流科技方面的核心龙头企业共同组成。
研究院主要负责绿色智能江海直达标准型船舶以及内河新型船舶的标准化研究、开发及产业化；邮轮游艇配套技术研究及产业化；绿色智能船舶关键技术与设备的研究、开发及产业化；特种海工装备（如深海浮标）的研究、开发及产业；绿色智能码头、航道的研究、开发及产业化应用；绿色智能船舶相关的关键技术孵化、绿色智能船舶相关的高素质复合型人才的培养；绿色智能船舶相关产业的咨询服务，培训服务，学术交流等；研究院相关项目引进及服务；公共技术服务平台的开发与建设。
研究院主营业务有：“4E”级标准船，船舶航态能效管理系统，船舶尾气排放控制系统，内河船舶运管平台建设，三维维修保养系统，无人艇，新一代港口集装箱吊机，船员全方位管理平台建设，污水高效处理系统，船舶智能辅助驾驶系统，水性纳米涂料、保温材料、水性石墨烯防腐材料的研究与应用等。不断创新新技术、新模式，努力构建绿色智能船舶及运输生态系统。
公司是国内聚焦江海直达绿色智能船舶、内河休闲邮轮游艇、内河互联网运输平台构建等领域，最具特色的研究院之一。
